五脏得到命门天阳之气的温煦后，便产生五脏地之阴气以上升于天，但五脏地之阴气如何上升于命门？
其途径有二：一、《内经》曰:“五脏六腑之精气皆上注于目......上属于脑”，目与脑心在发生学上有着渊源关系，上注于目睛命门就必抵达于脑心，所以五脏六腑之精气（地之阴气）皆上升于目睛命门脑心（天）。
五脏六腑之精气是如何上升于目睛命门上属于脑心的？
《内经》有“诸脉者，皆属于目”和“目者，宗脉之所聚”之说，“诸、宗”的字义是“众、许多”的意思，即五脏六腑之精气应是通过“诸脉、宗脉”等众多经脉上升于目睛命门的，然后再通过目系上属于脑心，以地阴之气上济于天。
二、《内经》曰：“肾生骨髓”。肾精主骨生髓通于脑。《内经》又曰“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之”。
由于肾是五脏之阴的根本，所以是肾藏五脏六腑之精，即肾精携带着五脏六腑之精气（地之阴气）通过髓道抵达它的最高点——脑心命门，或者说肾水之精气通过髓道上升至它的顶点——脑心。
《经》中有曰：足少阴“贯脊，属肾”。《灸经》曰：足少阴脉“循脊内”，足少阴肾经与脊髓直接相通，即肾或是通过其上循脊内的足少阴肾经经过脊髓（髓道）上升至它的最高点——脑心命门。
脑髓有脑心与大脑先后天之分，脑心的主要内容是丘脑。大脑是丘脑的自然延伸部分，是脑的低级部位，丘脑是脑的高级部位。
无论从形态解剖学还是从生理学观点看，脑心应是髓道的最高点，肾主骨生髓通于脑的最高点应是脑心，足少阴肾经上循脊内的顶点应是脑心。
如此命门居于人体的上极以其天火之阳气下降于地，温煦而不燔灼，蒸化而不干戈，气化适宜则水之阴气由此而化而升；肾居于人体的下极以其地水之阴气上升于天，相济而不凌盛，奉养而不扼息，濡养有度则火之阳气由此而生而降。
此阴升阳降水火相济就是太极阴阳图阴阳相互为用的升降运动。这也是命门“其气与肾通”的本意。
《内经》曰：“气之升降，天地之更用也......升已而降，降者谓天；降已而升，升者谓地。
天气下降，气流于地，地气上升，气腾于天。故高下相召，升降相因，而变作矣”。
命门大盛之阳气通过足太阳经的运行入十二脏之俞下降于五脏六腑，降者谓天，所以命门是人体内的天；五脏六腑之精气通过诸脉、宗脉皆上升于目睛命门上属于脑心，升者谓地，所以五脏是人体内的地。
命门足太阳经大盛之阳气下降于五脏六腑，五脏六腑门足太阳经下降于五脏六腑之俞，并唯肾而络，肾精主骨生髓直通于命门脑心，这就是“水能升而火能降，一升一降，无有穷已，故生意存焉”的天人相应观。
命门天之阳气与五脏地之阴气相互为用的升降运动将命门与五脏有机地联系在一起，使人体成为一个对立统一的之精气（阴气）皆上升于目睛命门，这就是“气之升降，天地之更用也”的天人相应观。命整体，所以“人身小天地”“人是小乾坤”。
从整体看，命门阳中有阴，五脏阴中有阳就是太极阴阳图阴阳互根的结构模式；命门天之阳气下降于五脏，五脏地之阴气上升于命门就是太极阴阳图阴阳互用的运动模式。前者是结构，为体，后者是功能，为用，符合任何一个事物都有结构（体）与功能（用）的两个方面，也符合太极阴阳图的两大特征。
命门与五脏高下相召，升降相因，而生机不息，这就是《内经》的“天人合一”之道。
人们指出：“五脏之本，本之命门，神气之本，本在元精”。
五脏与命门是对立统一的天地阴阳关系，而阴以阳为主，地以天为主，所以“五脏之本，本在命门”，如同地球之本，本在太阳一样，没有太阳就没有地球。
命门元精化生元气，元气化生元神，所以命门元神元气之“神气之本，本在元精”，如同太阳的阳气神明之本，本在太阳的核心区一样，没有元精就没有神气。……
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