第二天，赵南星，王纪，孙慎行集体提出辞职的要求，说是年纪老迈，恐有负圣恩什么的，朱由校也假意挽留了一下，看东林三人辞职的意愿很强烈，就勉为其难地同意了，给三人一个一个荣衔，并派锦衣卫送回家，这样两方的面子都顾到了，一幅君臣和谐的样子。
朱由校送别了三位老臣后，命大臣们推行接任的尚书名单，因为先已经和方从哲及徐光启商量过了，所以呈上来的名单比较切合朱由校的要求，由何宗彦任户部尚书，朱延禧为礼部尚书，盛以弘为刑部尚书，而原户部尚书徐光启任吏部尚书。
这是为徐光启入阁做准备，本来徐光启现在入阁也是水到渠成的事，但朱由校不想要他现在入阁，因为他想让徐光启接下方从哲的班，所以先让他在各部经历一下，且吏部尚书一直号称天官，隐隐是尚书中的第一人，由吏部尚书入阁会给徐光启带来很大的威信加成，而明年的京察他准备要有大动作，徐光启又没有党派，所以将徐光启先放在吏部最好。
这个设置让东林人一喜一忧，喜的是何宗彦本来是偏东林的人，说明皇帝确实不想大动东林，忧的是吏部由徐光启主掌，让天启三年的京察变得不再对东林党有利了。
各官就位后，朱由校要开始解决收税问题了。于是在朝会上，毕自严提出了税收现在面临的两个问题，皇帝命大臣们议一议应该如何解决。
其实这两个问题的根子都是相同的，因为开矿的大多是高官显贵或者是他们的亲属下人之类的，所以问题一摆出来，大臣们都沉默了。
朱由校很不雅观地敲了敲龙案，大声说道：“怎么了，都不出声了，平时不是都挺能说的吗？攻击这个攻击那个是小人，是邪党，现在有个正经事了就都不作声了呀。“
邹元标出列道：”陛下，既然所收商业税已经超过以往最好的时间，那不是好事吗？“
朱由校看着这个东林干将，问道：”邹御史觉得矿税收不到很正常？那其它的税收不到也应该算正常，那大家都不用交税了，你的俸禄从何而来，朝廷用度从何而来？“
邹元标道：”农税当然要收，所收商业税已经超过万历年间，请陛下不可苛待商家。“
朱由校笑道：”你要朕不要苛待商家，那要不要苛待农家呢？你下面去看看，过不下去日子的是商家还是农家，然后再来和朕说说吧。传旨，着左都御史邹元标为陕西巡访使，体察陕西民情，即日启程。“
皇帝这种一言不合就让你滚远点的作法让众臣无可奈何，邹元标谢恩后就回去准备了，皇帝说即日启程，如果拖到明天，说不定就把你赶回家去了。
邹元标出去后，朱由校又看着大臣们道：”矿税不好收，有人不交税，或者用其他的方法逃税，税务署的人又没法去封别人的矿，因为你总不能用笔去封吧，你一个收税的让别人不开别人就会不开吗？大家都来说下，如何解决这个问题吧。“
大臣们都不说话，孙承宗无奈地出列道：”陛下，可否由户部多派人手，帮助税务署来收矿税呢？让矿场只要出产后就先收矿税，炼化后再收一道商税。“
朱由校断然道：”不行，直管的意思就是不能再由户部管理，只需要和户部进行税费交接就可以了。再说凭户部的老吏们能把矿税收起来吗？“
大家都很会听皇帝的意思，官应震立即出列道：”陛下，让东厂或者锦衣卫抓捕不交矿税的刁民，不就可以了吗？“
朱由校还是否定：”不行，东厂负责监督税务署，但不能参与到具体事务中来。“
徐光启出列道：”陛下，可否给税务署以调兵之权，一次最多可调当地卫所军一百名，可以帮助强制收税，封掉不交税的矿场。“
朱由校道：”不妥，军队除非镇压叛乱，不然不能针对本国民众。毕署长，你可想过有什么好办法吗？“
毕自严出列道：”陛下，臣觉得徐尚书的方法如果变通一下就可以了，我们可以专门招收护税的衙役，不用发给他们刀枪等武器，只要常见的棍棒即可，请陛下圣裁。“……
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